这也是本书作者的猜想，就是说在神奇宝贝的远古时代，很多神奇宝贝其实都是有最原始的形态，就像原始的侏罗纪时代，一只蜻蜓就有一架飞机的大小尺寸。那个时期的地球上居住的神奇宝贝，比如大甲，有着自己的双翼，暴鲤龙的体型也非常巨大，看起来有些臃肿，许多的MEGA形态的神奇宝贝，在这个时代里有着更好的繁殖，X形喷火龙、Y形喷火龙就是个例子，为什么属性都出现变化，神奇宝贝的力量不可能就真的靠一块石头控制超进化。
可能的话就是所谓的地区差异性，那些原始的神奇宝贝，拥有它们原始的斗争心，就像化石翼龙，原始的化石翼龙为什么会灭绝，主要还是当时地球上的气候，随着可能地球出现的一些末日痕迹。生物出现大灭绝的现象。
但是经过那次灭绝，还是有很多神奇宝贝幸存了下来，但那个时期地球也发生了轻微的变化，比如气候迁徙，巨大的温差效应，为了应对那股变化，神奇宝贝在不断的时间中，通过近亲的繁殖，逐渐长出了适合的体型来应对环境带来的变化。
而所谓的MEGA，超进化，我看估计就是所谓的原始形态。
至于那种能让神奇宝贝产生超进化能量的石头，或许可能就是很久以前地球上存在的物质，神奇宝贝在诞生的时候，那种石头就存在了，直到让它们进化出当时适应地球气候的形态，而到新时代，地球的变化也稳定下来，神奇宝贝的姿态也都有了很大的改观，比如暴鲤龙变得苗条、大甲适应气候退化了翅膀，但其实从渡过适应期这些方面，神奇宝贝的外观都没怎么发生变化，多数的变化就是体型，和肢体上的退化，帮助它们有了能够应对新的地球气候的影响。
超进化石头的影响也在变小，更多可能那些超进化石头在之前的末日之中大量消失的缘故。
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