回到了故乡真新镇的小智今天起了个大早没有吵醒皮卡丘，开始做早餐，不久花子和魔墙人偶也一起帮忙做早餐。
昨天小霞和花子一起睡，小刚睡在客厅的沙发（这就是小智为次的事的复仇）。
“小智今天你是要去大木博士那里把？”花子突然开口。
“是啊。”
“那你回家能打扫一下卫生吗？妈妈今天要和小魔出去买东西。”
“可以。”
“小智你是不是发生了什么事？这几天你看起来好像不太高兴？”花子有点担心的问道。
小智停下了动作，“是发生了点事……”
花子也不勉强小智告诉她发生了什么事。
做完早餐小刚也醒了过来，花子去叫小霞起床，小智也跑去叫醒皮卡丘。小刚有点失望，因为他也想帮忙做早餐，没想到被遗忘了。
吃完早餐小智带着小霞、小刚去大木研究所。
“大木博士，我是小智。”
“啊你终于来了，我好想见你啊，波克比。”大木博士来就无视了小智的招呼。
“哎……算了。”小智耸了耸肩膀。
“嘿，小智！”小蓝向小智挥手，小茂一声不吭在喝茶。
“哦，小蓝啊。”小智自然而然的坐到大木博士客厅的沙发。
“什么态度嘛？”小蓝的嘴鼓了一下，这次向小霞挥手：“嘿，小霞。”
“嘿，小蓝。”小霞坐到小蓝旁边，她们两个早就是一对闺蜜了。
大木博士向小智一行人和小茂、小蓝介绍了宝可梦研究所的工作，不过对小智来说已经是非常熟悉的事了，因为小智经常来帮忙，有时还会带着球队一起来帮忙。
宝可梦研究所的工作：从替宝可梦做健康检查开始，首先把精灵球里的宝可梦放到庭院去，当然都准备好了适合它们的环境（范围非常大）。接下来是喂食宝可梦，因为宝可梦的种类很多，要准备每一个宝可梦吃的食物（那是很辛苦的），光做这几件事就要花掉一午的时间。然后从下午开始做研究，决定好主题以后再做各种研究。每天为它们饲料“培养感情”，这也是建立良好关系的一环。考虑到要让宝可梦们自然生活，尽量让它们在被收服以前的环境之中，在调查个体差异面这一点是很重要的。
在大木研究所的庭院参观的时候小智突然想起之前“天青山的事”，便和大木博士说起。大木博士听了小智在天青山时发生的事感到震惊，没想到小智和克罗斯竟然遭遇了那么大的事。大家也对小智的经历的事感到震惊，这让小茂有点不服气，没想到小智竟然会得到“虹色之羽遇到影子中的引导者玛夏多，成为彩虹勇士，挑战凤王”。
大木博士拍了下自己的脑袋，“竟然一直忘了告诉小智虹色之羽的事（还有他认识梵爷的事）”。难道是因为工作太忙了，还是自己老了。
从那里大木博士询问到了宝可梦联盟比赛的地点和日程，真新镇的三位训练家互相道别去做各自的特训。小智帮大木博士处理了一些事后回到家，小智想在打扫卫生前先介绍一下自己的家里（昨天没介绍的房间）。
首先是从客厅、厨房、厕所到介绍花子的房间，还有小智的房间：小智的房间里桌子有一台笔记本电脑、地球仪和以前球队的照片；橱柜有一台收音机，一台电视机和一颗足球；地有卡比兽抱枕、高低床以及书架。
书架里满是宝可梦知识的书籍，还有其它的书：里面有机械方面的书籍和其它的教科书，不过心思细腻的小刚发现了一些意外收获，那就是“福尔摩斯的书”。
小刚惊讶的说道：“小智没想到你竟然会有‘福尔摩斯的书’，而且还收集了全部。”
“嗯，那是我最喜欢的。”其实小智在以前的世界就很喜欢侦探推理，来到这个世界的时候最想不到的就是这个世界除了没有普通的动物和地区以外其它的东西竟然和之前的世界大致一样。
在“精灵宝可梦XY第14话”中莎莉娜提到了现实世界的的人物德古拉。平行世界什么都有可能发生，所以就算在精灵宝可梦福尔摩斯是真实存在人也不奇怪。
“好了，我要开始打扫卫生了。能请你们到院子里等吗？”小智觉得也差不多该打扫了。
“要不，我们也来帮你把。”小刚自然想帮忙。
“不用，你们是客人，去外面散散步吧。”
“那好吧。”小霞答应了小智。
“对了，千万不要去‘地下仓库’。”小智严肃的顶住了小霞、小刚。
“知道了~”于是小霞和小刚来到了小智家的院子。
在院子里的小霞和小刚四处转悠不知不觉来到了小智说的地下仓库，“这里就是小智所说的地下仓库。”
“有一块牌子！”牌子面写着：非相关人员，特别是对自己的体能没自信的人，除了想提升体能进行训练的人以外，“禁止进入”。
“不进去就不进去。”想起小智的话觉得还是不进去的好。
“进去了会怎么样呢？”不进去又有点好奇，进去了会怎么样。
“奇怪，波克比呢！”小霞突然发现怀中的波克比不见了。
“在哪里！”调皮的波克比打开了地下仓库，的大门进去了里面。
“波克比，不能进去！”于是想都没想小霞就跟了进去，小刚也跟着进去了。
“波克比，波克比，波克比你在哪里！？”在昏暗的走廊沿着向下的台阶，小霞和小刚寻找着波克比。不知走了多久终于有了一丝灯光，两人不知不觉来到了最底下，有一个操作台和一个很大的房间。小霞跟小刚走了进去。
“……（波克比的叫声）”后面传来了波克比的声音。
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