其子皇太极对“昔太祖诛戮汉人，抚养满洲”(《清太宗文皇帝实录》第64卷)，亦觉不当，略作前鉴。其时，据史载:“闻十三站等处，杀辽人之不顺者，又执少壮、夺妻子，是以啸聚林莽山谷间。”(沈国元:《两朝从信录》第14卷)被执、被夺者，设法出逃。努尔哈赤始定严惩逃人法:“谕凡逃人已经离家，被执者处死;其未行者，虽首告勿论。”(《光绪大清会典事例》第855卷)
而未逃幸存之文士生员，多被收在后金汗、八大贝勒包衣下，或在满洲各级额真下为奴。《清太宗实录》载述:先是，乙丑年十月，太祖令察出明绅衿，尽行处死。谓种种可恶，皆在此辈，遂悉诛之。其时诸生隐匿得脱者，约三百人。至是考试，分别优劣，得二百人。凡在皇上包衣下，八贝勒等包衣下，及满洲、蒙古家为奴者，尽皆拨出。(《清太宗文皇帝实录》第5卷)上述可见，其时屠儒之酷烈。
上举努尔哈赤进入辽沈地区后，强令“剃发”、大量迁民、清査粮食、征发差役强占田地和诛戮诸生等六例弊政，搅得辽民倾家荡产，颠沛流离，衣食无着，愤不欲生。女真各级额真及军卒居汉人村屯，又逞威福，占田宅，索粮谷，侮妻女。广大辽东汉人不堪忍受女真贵族的威逼、驱掠，焚劫、杀戮，纷纷起来通过各种形式，反抗后金汗努尔哈赤的残暴统治。
首先是逃亡。辽民难以忍受后金贵族的盘剥和奴役，为图生存，成户、成村、成地区地逃亡。如连山关流民男四十人、女二十人，驱赶马十八匹、牛五头、骡四头和驴二头，集体逃亡。夹山河村二十户居民，男女共八十人，仅耕田七日，无法生活，把喂养的猪、鸡、狗宰杀后放在筐子里，密议逃亡，但被告密捕捉定罪。红草岛附近五村汉人，用秫秸杆编成筏子渡河逃亡。李永芳哀叹道:沿海一带汉民想杀女真人，逃往明朝。据《满文老档》记载，有的辽民诱请后金驻守台堡官兵到家里饮酒，或鸩杀，或乘其醺醉杀死，然后弃家逃亡。到天启五年即天命十年(1625)，因闹粮荒，社会秩序混乱，逃亡的人更多。努尔哈赤命在城门设锣，逃人出城要敲锣传报，以派兵追捕。尽管如此，“逃去之人，络绎接踵”(《明清史料》甲编)
投毒。投放毒药暗杀后金统治者，是比逃亡更为积极的反抗斗争形式。后金占领辽阳刚两个月，就发现汉人向努尔哈赤驻城的各井投下毒药。不久，在水、盐和猪肉里都发现有毒药。努尔哈赤指令诸申和兵士，不吃当天杀猪的肉，饮水和食盐要警惕中毒，甚至对蔬菜和鸡鸭也要注意，并命将文书下达至村领催。为避免中毒，命店主将姓名刻在石、木上，立在店前;购买食物的诸申，需记住店主的姓名，以便中毒后追查。投毒的斗争遍及各地，努尔哈赤谕示诸贝勒:各处都给诸申投毒。甚至努尔哈赤到海州巡视，在衙门宴会时，有八名汉人向井中投放毒药，可能是设计毒害后金汗努尔哈赤的。但他们在投毒时被八旗兵士捉获，惨遭杀害。
再次是袭杀。袭击和杀伤后金官兵，比投毒更直接地打击了女真军事贵族。在古河、马家寨、镇江、长山岛、双山、岫岩、平顶山等地的汉民，手执棍棒，聚众抵抗，袭击后金兵士，杀死后金官吏。努尔哈赤在文书中称:古河的人，杀我派去的官员而叛。马家寨的人，杀我派去的官员而叛。镇江的人，逮捕我任命的佟游击，送与明国而叛。长山岛的人，逮捕我派遣的官员，送往广宁。双山的人，约期带来那边的兵，杀了我的人。岫岩的人叛亡，被魏秀才告发。复州的人叛变，约期带来明国的船。平顶山的人，杀我四十人而叛。(《满文老档·太祖》第66卷)
这份文书说明，辽民反抗后金统治的斗争此伏彼起，连绵不断。为防止后金官兵被个别地袭杀努尔哈赤命令官兵不许单独行动，必须十人结队而行，否则要受到惩罚。但这并不能阻遏辽民浪高似一浪地反抗后金统治者的斗争。
暴动。辽民的暴动给予后金统治者以最沉重的打击。辽民暴动自后金军占领辽阳始。后金军夺占辽阳，派一将领坐在西门，见状貌可疑的汉人，即点视军卒加以杀戮。然而，辽民不能忍受这种残酷暴行，勇敢者奋起反抗。《明史纪事本末》“补遗”记载:有诸生父子六人，知必死，持刀突而出，毙其帅，诸子持共击杀二十余人。仓卒出不意，百姓乘乱走出，五六百人结队南行，建州不之追。(《明史纪事本末》)继辽阳之后，反抗后金的暴动如火如荼。在托兰山，百余人举行暴动;在长山岛，莽古尔泰9率兵二千前往镇压;在岫岩，暴动失败后被虏者达六千七百人;在镇江，仅镇压后被俘虏者即达一万二千人(《满文老档·太祖》)。
在辽河以东，复州城的抗暴斗争声势浩大。天启三年即天命八年(1623)六月，复州城民无法忍受后金剃发、占房、查粮、差役等虐政，一万余男人举城暴动。努尔哈赤派次子代善、第十子德格类等率兵二万人前往，将复州城人民的暴动残酷地镇压下去。复州城男子当中，除病弱者和儿童外，全部被杀，并将妇女和儿童掳走，分给各牛录为奴。复州城房舍驻兵，粮充军食。在辽河以西，除“辽民、难民入关至百余万”(《明熹宗实录》第20卷)和大量迁徙河东之外所余人民在大小凌河、锦州、义州和广宁等地掀起反抗后金的暴动。其中以十三山军民的反抗斗争最为壮烈。数以万计的辽民据十三山以自保，绝不“剃发”降顺。努尔哈赤派兵围攻数次不克;李永芳再率军仰攻，被“山顶飞石打下”。这些反抗者久被围困，誓死不降后金，“有七百人黑夜潜偷下山至海边，渡上觉华岛。婴孩都害死。问其何以害死，曰'恐儿啼贼来追赶也'(王在晋《三朝辽事实录》第10卷)!宁肯扼杀婴儿，也不投降后金。这是努尔哈赤对辽民政策失败的血泪见证。
努尔哈赤对辽民的错误政策，激起辽东的农民、矿工、生员、市民，从辽阳到金州，自广宁至镇江，在城镇，在村屯，以逃亡、投毒、袭杀和暴动等形式，进行反对后金统治者的斗争。这场斗争的主体是汉族劳动人民，也包括女真的奴隶和农奴。
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